In älteren Versionen verhielt sich Transmission nicht vollständig konform zu den neuesten Spezifikationen des BitTorrent-Protokolls. Dieses Verhalten hat dazu geführt, dass manche Benutzer von privaten Trackern verbannt wurden. Dies hat zu einer hitzigen Diskussion im Transmission-Forum geführt, ob es sich hierbei um ein Problem für den Transmission handele oder nicht.
Diese Probleme wurden mit Version 0.7 behoben.
Obwohl sich manche Benutzer wegen der schlichten Oberfläche, dem geringen Speicherverbrauch und der Einfachheit Transmissions eine Portierung auf Microsoft Windows wünschen, ist eine solche derzeit noch nicht verfügbar.